W przypadku występowania wolnego produktu naftowego na wodach gruntowych koniecznym przed przystąpieniem do właściwych prac rekultywacyjnych jest jego sczerpanie (usunięcie). W tym celu możemy wykorzystać kilka metod. Najczęściej stosuje się automatyczne systemy pompowania produktu zwane aktywnymi skimmerami, które umożliwiają selektywne sczerpywanie wolnego produktu naftowego.
Często stosowaną metodą jest również ręczne sczerpywanie produktu, które stosowane jest dla niskich miąższości produktu naftowego na wodach gruntowych, gdzie odnawialność paliwa jest niewielka lub w miejscach, gdzie doprowadzenie energii elektrycznej oraz utrzymywanie stałej obsługi obiektu byłoby ekonomicznie nieuzasadnione. Pośrednią metodą pomiędzy ręcznym sczerpywaniem, a automatyczną metodą jest zastosowanie skimmerów pasywnych. Działanie tego skimmera jest podobne jak automatycznego, z tą różnicą, że produkt z warstwy hydrofobowej odcieka do zbiorniczka wewnątrz skimmera. Dalsze prace polegają na okresowym ręcznym usuwaniu tak zebranego w skimmerze paliwa. Niezależnie od wyboru metody i narzędzi użytych do sczerpywania wolnego produktu zalegającego na wodach gruntowych należy pamiętać, że jest to ważny element całego procesu prac rekultywacyjnych. Jego zakończenie warunkuje rozpoczęcie prac remediacyjnych, a co ważniejsze zatrzymuje proces zanieczyszczenia gruntów poprzez migrację produktów na wodach gruntowych, tak w kierunku ich spływu, jak też w strefie pionowych wahań.