Przetwarzanie/odzysk odpadów niebezpiecznych, takich jak grunt zanieczyszczony substancjami ropopochodnymi (kod odpadu, zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Klimatu z dnia 2 stycznia 2020 r. w sprawie katalogu odpadów, 17 05 03* - gleba i ziemia, w tym kamienie, zawierające substancje niebezpieczne) jest nieodłącznym elementem projektów PROTE polegających na remediacji ziemi ex situ. Oczyszczanie skażonego gruntu, przetransportowanego z miejsca występowania zanieczyszczenia do miejsca jego przetwarzania/unieszkodliwiania odbywa się na specjalnie do tego celu przystosowanej pryzmie/płycie bioremediacyjnej, na podstawie posiadanych przez PROTE decyzji i pozwoleń administracyjnych. Proces odzysku/oczyszczania jest monitorowany tak jak w przypadku metody in-situ, a po jego zakończeniu ziemia może być przeznaczona do gospodarczego wykorzystania np. do budowy obwałowań na składowiskach jako przewarstwienia, czy uzupełnienie wyrobisk.