Wyróżniamy liczne metody rekultywacji jezior, które wybierane są indywidualnie dla danego zbiornika, biorąc pod uwagę odmienność poszczególnych jezior, różnice w sposobach i zakresach zanieczyszczenia, a także ich położenie w zlewni. PROTE skrupulatnie i kompleksowo podchodzi do każdego przypadku poprzez wszystkie etapy rekultywacji, od badań terenowych po działania zaradcze i interwencyjne, z doborem optymalnych metod i środków.